Fly til Molde tar under en time fra Bergen, Trondheim eller Oslo. Flyene lander 10 minutter unna sentrum, så veien er kort fra flyplassen til byen.
Sas, Norwegian, Widerøe, og Krohn Air har alle avganger fra ovennevnte byer til Molde. Fra flyplassen finnes busstransport til og fra sentrum om man ikke vil bestille taxi.